การออกแบบเอนไซม์ด้วยกระบวนทางคอมพิวเตอร์ หรือ in silico มีความสำคัญในการประยุกต์ใช้งานทางเภสัชกรรมเป็นอย่างมาก เนื่องจากเอนไซม์หลายชนิดถูกนำมาศึกษาในการใช้เป็นตัวเร่งทางชีวภาพสำหรับการผลิตยาต่างๆ ซึ่งวิธีการทาง in silico ได้กลายมาเป็นเครื่องมือสำคัญในการออกแบบเอนไซม์ให้มีประสิทธิภาพและความจำเพาะต่อเป้าหมายทางยา ตัวอย่างเช่น การจำลองโครงสร้างสามมิติของเอนไซม์ที่เป็นเป้าหมายของยา การปรับปรุงโครงสร้างเอนไซม์จากการจำลองการจับกันระหว่างเอนไซม์และยาหรือสารออกฤทธิ์ทางยา การใช้จลนศาสตร์ควอนตัมเพื่อทำความเข้าใจกลไกการเร่งปฏิกิริยาระหว่างเอนไซม์และยาในระดับอะตอม การคัดเลือกสารออกฤทธิ์ทางยาที่คาดว่าสามารถยับยั้งเอนไซม์ในโรคต่างๆ การออกแบบเอนไซม์ให้มีความเสถียรเพื่อใช้เป็นตัวเร่งในการสังเคราะห์ยา โดยวิธีการทาง in silico สามารถลดเวลา ลดค่าใช้จ่ายในการทดลองจริงในห้องปฏิบัติการลงได้ อันเป็นการปรับปรุงเอนไซม์สำหรับการการพัฒนาและผลิตยาหรือสารตัวกลางทางยาได้อย่างมีประสิทธิภาพ